La serie trata de un grupo de cinco chicos que pertenecen a un club de ciencias que mantienen sus actividades en secreto y todos los hechos transcurren en un instituto privado con mucha solera y tradición% el edificio se alza majestuoso durante el día pero se torna un tanto tétrico de noche. En el primer episodio un profesor desaparece de forma misteriosa.
Los chicos del club de ciencias y Josie, la protagonista, ven una perturbación extraña y Corrine cae dentro.
¿Se tratará de un agujero negro?
Tal vez estos sucesos extraños tengan algo que ver con un accidente envuelto de misterio que tuvo lugar hace 15 años en el que los laboratorios Pearadyne, situados al lado del recinto escolar. Es evidente que estos chicos son listos, pero tampoco son superhéroes% son unos adolescentes normales y corrientes que se encuentran ante situaciones extraordinarias que les obligan a agudizar el ingenio. En El colegio del agujero negro podemos interpretar las situaciones como una metáfora de esta etapa tan difícil que es la adolescencia.